古巴导弹危机使苏联在中印边界冲突上的政策暂时从“中立”转向支持中国。从新近解密的苏联外交档案看，赫鲁晓夫决定在古巴部署导弹的动因，除了重申苏联对保卫古巴革命所承担的义务、希望阻止美国对古巴的入侵以及弥补苏联同美国的战略核力量方面的差距等考虑外，“提请华盛顿注意苏联的力量”也是一个重要的考虑，是苏联领导人对美苏在柏林问题谈判上的僵局以及对美国重新恢复核试验所做出的必要的反应。[90] 鉴于中国在1956年匈牙利事件和1961年柏林危机中所发挥的作用，古巴导弹危机的紧张局势使得赫鲁晓夫准备同中国进行妥协，包括在中印边界冲突问题上。苏联的政策意图是希望中国在古巴导弹危机中给予大力的支持，并通过相关的外交渠道向中国做工作。为此东德、匈牙利等国的外交官多次向中国官员强调：社会主义兄弟党之间必须进行必要的妥协和合作，特别是同帝国主义者存在着严重的敌对和潜在的战争的时候。[91] 东德、匈牙利驻北京的外交官同中国方面的会谈记录几乎立即被送到苏联驻华大使馆，然后很快呈送苏共中央，因此不难想象，是苏共高层授意进行这样的会谈。[92]

因此，1962年中印边界冲突爆发前，苏联在这一问题上表示了对中国的支持。1962年10月14日赫鲁晓夫在欢送刘晓大使离任的宴会上公开表示：在中印边界争端问题上，苏联是站在中国一边的，这是苏共中央主席团的一致立场，“如果不幸发生反对中国的战争，我们将和中国站在一起”。赫鲁晓夫强调：“我们仅仅是出于策略的考虑才没有在中印边界问题上公开声明，我们不能把尼赫鲁推倒美国一边去……目前尼赫鲁进一步投降国内反动势力……我们将根据周恩来同志同我国大使谈话中所阐述的立场和中国政府给印度的有关照会，采取某些外交措施。”刘晓告诉赫鲁晓夫：印军在中印边界东段集结，如果印度把战争强加于中国，中国将予以反击。赫鲁晓夫表示，这和苏联得到的情报相同，并说如果苏联处于中国的地位也将会采取同样措施。赫鲁晓夫还介绍了古巴导弹危机的情况，希望中国在维护古巴安全方面也采取措施。第二天，米高扬又约见刘晓，通报了有关古巴导弹危机的情况，请刘晓转告中国政府。[93] 苏联毫无疑问希望中苏双方在中印边界冲突和古巴导弹危机问题上相互配合和相互支持。

1962年10月20日中印边界冲突爆发后，在上述政策指导下，契尔沃年科10月22日在同中国外交部副部长章汉夫会谈时强调指出，必须要明白在边界冲突上谁对谁错，如果不区分谁有罪谁无辜，那是不正确的；同时，混淆有罪和无辜之间的区别也是不对的。[94] 随后，10月25日《真理报》就中印边界冲突发表社论，谴责导致中印边界冲突的麦克马洪线是声名狼藉的和无效的，是英国帝国主义的产物，是英国殖民主义者“强加给中国人民和印度人民的”，是“从未被中国承认过的”。社论还谴责印度受帝国主义分子的煽动，已经成为冲突的罪魁祸首；同时社论还批评印度共产党滑向了沙文主义，损害了无产阶级的国际主义。[95] 对此，印度共产党内亲华的一派公开宣称，苏共中央终于“相信其政策的愚蠢性，并接受了中国的观点”。[96] 中国政府在同一天就古巴导弹危机发表声明，其中表明“完全支持”苏联政府10月23日宣布的“将尽一切力量粉碎美帝国主义集团的侵略阴谋”的立场，表示中国要“同社会主义国家和所有热爱国家和平的国家一道。对美帝国主义这种战争挑衅行为进行坚决的斗争。”[97] 中国对古巴问题以自己的方式进行了支持，但对赫鲁晓夫的要求未作反应。[98] 同其他社会主义国家举行大规模的集会和游行，以支持苏联在古巴导弹危机中的政策立场相比，中国在1962年10月却没有任何此类的活动。在苏联领导人看来，中国的支持是远远不够的。在此期间，苏联试图同中国方面进行沟通，协调立场。契尔沃年科为此多次要求同毛泽东会谈，但都未能如愿，中方只是派低级别的官员同他会见。当时中方的理由是，毛泽东身体不适，不能会见苏联大使，但同一时期毛泽东却接见了其他党的代表团。[99]

中国对古巴导弹危机的态度和反应，对苏联在中印边界冲突问题上的政策产生了重要的影响，危机改变了苏联对中印边界冲突的政策，从而导致中苏的矛盾和分歧更加公开和加深。古巴导弹危机以苏联从古巴撤出导弹而告结束。苏联决定从古巴撤出导弹，直接导致中国对苏联政策的猛烈抨击。中共中央领导人纷纷发表讲话支持古巴，从11月3日至6日，连续在古巴驻华大使馆前举行群众集会，据报道有超过500万人参加集会。对于苏联在古巴导弹危机中的政策变化，陈毅1962年11月1日向古巴驻华大使馆临时代办明确表示：古巴的命运掌握在古巴人民的手中，而不是在任何其他国家的手中。古巴的独立和主权不能谈判，古巴的自由和权利绝不能拿来作交易。在革命斗争中具有决定性的是人而不是武器。[100] 据苏联大使馆发回的报告，陈毅在参加1962年11月7日苏联大使馆举行的纪念十月革命45周年的招待会上，“以导师的口吻”对苏联大使说，同帝国主义侵略者打交道时，任何形式的“软弱而空洞的傻话”都是不能容忍的。[101] 随后，中共中央发表一系列声明和文章，通过赞扬古巴的反美斗争，批评苏联的政策立场。中共中央强调：古巴人民这一次胜利的反美斗争，必将产生深远的影响，称赞古巴人民“坚持正确的马克思列宁主义的革命精神，坚持不向帝国主义乞求和平的革命原则，坚持发动人民群众进行革命斗争的正确立场，把古巴革命从胜利引向新的胜利”，“表现出了决不向侵略者和强大压力投降的革命气概，保卫了社会主义国家的荣誉。”对于苏联对中国批评的回应，中共中央声称，“我们既没有要求把核武器运进古巴，也没有阻挠把所谓‘进攻性’武器撤出古巴，所以对我们来说，根本说不上什么‘冒险主义’，更说不上什么要把全世界‘拖入热核战争’。”[102] 在这些声明、社论和文章中，中共中央只字不提苏联在结束古巴导弹危机中的作用。中国在古巴导弹危机中的政策，当时只得到了朝鲜和阿尔巴尼亚的支持。

对于中国的行为，苏联领导人强调：“是谁从战争威胁中拯救了古巴，肯定不是那些在危急时刻对中立的印度动武的那些人，也不是开始毁谤我国的那些人。”苏共领导人相信：中国在“加勒比海危机期间同印度的军事冲突升级，实际上是帮助了帝国主义的反革命阵营，使本来已经危险的国际局势复杂化”。[103] 在这种形势下，苏联改变了政策。11月5日，《真理报》发表声明再次表示，苏联在中印边界问题上持中立立场。对此中共中央认为，赫鲁晓夫起初试图以苏联支持中国在中印边界争端问题上的立场，来换取中国方面在古巴导弹危机中支持苏联，因此短期内对中印边界冲突持观望态度。