作为中印边界冲突的一个重要后果，中国和巴基斯坦的关系在冲突后迅速发展，两国领导人互访不断。巴基斯坦发展同中国的关系激怒了美国决策者，因为在约翰逊看来，巴基斯坦的行为已经损害了美国外交的根本目标。针对1964年2月中国总理周恩来即将对巴基斯坦的访问，约翰逊在1963年12月2日警告巴基斯坦外交部长布托(Zulfikar Ali Bhutto)：周恩来的访问将在美国产生极其严重的“公共关系”方面的问题，特别是在国会将产生严重的负面反应，从而影响国会在经济和军事援助问题上对巴基斯坦的支持。约翰逊甚至还宣称，他过去和将来都会是巴基斯坦的朋友，当然“只有巴基斯坦人让他成为他们的朋友”才行。对约翰逊的这种态度，巴基斯坦方面感到不安，布托试图向约翰逊解释说巴中关系的发展不过是对美印关系的加强的一种保护性的反应。据副国务卿鲍尔回忆说，布托在会谈后愤怒地向他抱怨受到的粗鲁待遇。

约翰逊同布托会谈后又于12月9日致函阿尤布·汗，更为明确地表达了对巴基斯坦发展同中国关系的担忧。他指出，巴基斯坦的这些行为“损害了我们在面对一个侵略国家时维护自身安全利益的努力，而这个侵略国家已经明确地和最直截了当地宣布它对自由世界的毫不动摇的敌意”。约翰逊明白无误地告诉阿尤布·汗：“维护巴基斯坦利益最好的方法，就是尽一切所能加强同自由世界的联系，而不是削弱这种联系。”[120]

对如何处理这一时期地南亚次大陆的国际关系，此时美国决策层也存在着意见分歧。美国驻巴基斯坦大使马康卫(Walter P. McConaughy)认为，巴基斯坦加强同中国的关系，表明它正在从西方联盟中脱离出来，其主要原因就在于美国加强同印度的关系，特别是对印度为期5年的数额庞大的军援计划。马康卫在1963年12月9日给国务院的电报中指出，由于巴基斯坦对印度几近“神经质的恐惧”，美国对印度提供军事援助将导致美国在南亚次大陆地位的严重倒退，“迫使巴基斯坦重新考虑其外交政策和军事政策，并做出重大的调整”。因此，在这个时候对印度进行军援无疑是对次大陆的局势火上浇油。

美国驻印度大使鲍尔斯(Chester Bowles)的观点则恰恰相反。在给国务院的电报中鲍尔斯指出，中印边界战争给美国一个把印度拉入西方阵营的机会，这样在同中国的扩张进行的斗争中就能够得到一个主要的盟国，如果迟疑不决将留下有可能被苏联填补的真空。鲍尔斯甚至建议在5年内每一财年向印度提供6000万至7500万美元的军援。为进一步评估和确定美国对南亚的政策，参谋长联席会议主席泰勒将军在1963年12月下旬分别访问了印度和巴基斯坦。泰勒在同阿尤布·汗会谈时试图说服巴基斯坦领导人相信，是中国对南亚次大陆的安全构成了真正的威胁，而不是印度；泰勒还明确表示，美国将继续向印度提供必要的军事援助；巴基斯坦如果希望继续得到美国的援助，就必须尽作为东南亚条约组织和中央条约组织的成员义务。在随后同阿尤布·汗进行的一次开诚布公的私人谈话中，泰勒一方面对近年来美巴关系趋向冷淡表示深深的遗憾，另一方面也强调造成这种现象的根本原因在于巴基斯坦发展同中国的关系。阿尤布·汗对此解释说，他“热爱约翰逊总统甚于热爱自己的一个兄弟”，希望泰勒转告约翰逊：即将到来的周恩来的访问没有任何特别的意义，只不过是巴基斯坦希望同一个潜在的敌人关系正常化罢了。泰勒依然坚持认为，周的访问会给美国带来“国内问题”，并影响国会将来对巴基斯坦的支持。[121]

泰勒回国后立即向约翰逊做了汇报，他建议由于印巴两国不同程度地满足了美国的条件，美国应在以后的5年内分别向印巴两国各提供5000万至6000万美元的军事援助。1964年2月8日，约翰逊批准了泰勒报告中的部分要求，但他坚持“我们应向两国明确表示，在给予它们长期军事援助的同时，我们可以期望从他们那里获取什么”。国务院在2月21日给马康卫的电报中指出，白宫希望利用军事援助不仅可以作为一个诱饵，以展现继续保持盟国关系的价值，而且还可以作为一个工具，“以获取巴基斯坦必要的保证，保证它限制同北平的关系，并基本上不推行违背美国利益的政策”。[122]

但阿尤布·汗不顾美国的利诱和一再反对，坚持周恩来按计划访问巴基斯坦。1964年2月，周恩来总理和陈毅外长访问巴基斯坦。在同阿尤布·汗会谈时周恩来强调，中巴两国友好关系不是权宜之计，“我们这种友谊不只是通常时候的友谊，也是患难时候的友谊。就是说，当一方遭到外来侵略和威胁的时候，这种友谊是经得起考验的”。在双方的联合公报中，中国还接受了巴基斯坦关于克什米尔问题提法。[123]

阿尤布·汗的行为使美国决策者大为恼火。约翰逊认为阿尤布·汗在利用中国作为威逼印度和美国的手段，他随即决定派负责近东和南亚事物的助理国务卿塔尔伯特(Phillips Talbot)前往巴基斯坦，准备向阿尤布·汗表明：美国的忍耐是有限度的，如果他想获得美国的援助，就不能越过美国可以容忍的限度；同时要使巴基斯坦相信，美国对印度的帮助是出于全球反共战略的需要。而在美国决策者眼中，巴基斯坦除了在嘴上大谈联盟关系之外，实际上已经采取了同美国的整个亚洲反共战略背道而驰的战术。美国有责任保护自由亚洲的安全，使之免受中共的侵略，直到有关国家可以自己保护自己。“而当我们试图阻止中共对南亚进行渗透的时候，巴基斯坦事实上似乎鼓励它们这样做”。鉴于此，美国决策者决定，不再主动同巴基斯坦讨论有关军事援助计划了。[124] 塔尔伯特在1964年3月访问巴基斯坦时，反复强调了美国在亚洲的反共的主要目标就是针对中国，“美国政策是遏制中共的威胁，并做一切必需的事情防止中共的扩张”。塔尔伯特在会谈中向巴方提出改善两国关系的三点要求：保持对东南亚条约组织和中央条约组织的义务；保证巴中关系的发展不会对美巴关系产生消极影响，或破坏美国支持亚洲国家抵抗中共侵略的努力；不对印度使用武力，等等。

阿尤布·汗在会谈中反复说明，巴基斯坦不仅视美国是自己的“天然朋友”，而且还是亚洲所有小国的“天然朋友”，亚洲所有的麻烦都来自强大的邻国----苏联、共产党中国和印度。阿尤布·汗在重申巴基斯坦对条约的义务的同时，特别抱怨美国对印度的军事援助，他认为美国和巴基斯坦之间的根本分歧就在于对待印度的态度以及如何判断印度的意图。至于美国耿耿于怀的周恩来访巴一事，阿尤布·汗解释说，那是由于中方的一再要求他才同意的，而且在同周的会谈中，他还反复劝说中国要同美国解决问题，不要做恶化亚洲局势的任何事情。阿尤布·汗强调同中国的关系仅仅是“极其有限的关系”，声称不约束中国不符合美国的利益，并指出中国对美国的政策是“非常愚蠢的”。[125] 阿尤布·汗毫无疑问希望美国能够重新审查对印度的政策，特别是对印度的军援计划。

塔尔伯特在同阿尤布·汗会谈后汇报说，美国在南亚次大陆有着重要的利害关系，一方面同巴基斯坦的合作可以对付苏联人，同印度的合作可以对付中共，由此可以保护并可能扩展美国的利益；另一方面，保持和加强这一地区的自由和独立同样是重要的，如果这一地区被共产党所控制，其影响可以同1949年中共的胜利相提并论。因此塔尔伯特明确建议，美国对印度和巴基斯坦应当同等对待。[126] 塔尔伯特的建议遭到科默的强烈反对。科默首先从美苏冷战的角度看待南亚局势，他指出，随着中苏分裂的扩大，苏联正把失去的时间夺回来；而印度作为亚洲最大的、也许是最为强大的非共产党国家，“实际上是亚洲的一个主要的极有价值的资源”，“如果印度落后了，我们就是失败者；如果印度走向共产主义，那就是可以同失去中国相提并论的悲剧；如果印度倒向亲苏的中立主义，我们的亚洲政策就会受到损害”。因此，科默向约翰逊建议，美国不能允许由于同巴基斯坦的结盟而“妨碍推行一个理性的对印度的政策”。[127]