此时国务院的意见也倾向于加强同印度的关系，暂缓同巴基斯坦在军事领域的合作。副国务卿鲍尔在给马康卫的一份电报中明确指出，在美国看来，同巴基斯坦领导人就“政治框架”问题的讨论没有产生完全令人满意的反应，巴方的表现缺乏合作的积极性，而美国关注的中心则是巴方和中国之间可能达成了秘密的谅解。鲍尔强调说：“如果我们不能清楚地了解这些情况，不能判断对我们在次大陆的整个地位所产生的可能的影响，我们则希望在长期军援问题上保持现有的立场。”[128] 当1964年4月底巴基斯坦军事代表团访问华盛顿、要求美国提供为期5年的军援时，参谋长联席会议主席泰勒明确表示，巴基斯坦的政治行为“极大地影响了美国国会对军事援助计划的态度”。[129]
至于对印度的军事援助，鲍尔斯则强调，这一计划的目的，不仅要使印度成为一个“具有足够军事防御能力的盾牌”，而且还要“建设一个可以完全抵御中共秘密渗透的充满生机活力的社会”。[130] 国务院的意见占了上风，于是美国邀请印度国防部长查万(Y.B. Chavan)在1964年5月底访问美国。腊斯克在5月21日同查万的会谈中指出，当时成立巴格达条约组织的目的是为了对付苏联的威胁，因此美国向巴基斯坦提供军援；现在印度受到中国的威胁，因此也将获得美国的军援。查万在第二天同美国军方的会谈中，美国同意在1965年财年向印度提供5000万美元的军援，以后如何援助逐年再议。6月6日，美国正式宣布了对印军援计划。
美国的决定使阿尤布·汗异常愤怒，他在记者招待会上公开指责美国的做法“毫不犹豫地抛弃了朋友”，是“机会主义”、“毫无道德水准”。巴基斯坦各地举行了声势浩大的反美集会。另外，阿尤布·汗在7月1日给约翰逊写了一封亲笔信，他在信中怒气冲天地说：现在每个人都清楚，中国没有侵略印度的计划，中印之间也没有重新爆发有限武装冲突的可能性。美国对印度的军援损害了巴基斯坦的利益，导致印巴之间的军备竞赛，增加了它们的经济负担，为共产主义扩展到南亚次大陆打开了方便的通道。美国大力增加印度军力的结果，将会大大增加印度的弱小邻国业已深存的对印度的不信任，使他们转而寻求中国的保护。美国在南亚地区推行的政策是违背美国自己利益的。阿尤布·汗在信的末尾甚至声称，巴基斯坦将被迫重新考虑作为盟国的义务。[131] 随后，巴基斯坦驻美大使艾哈麦德在7月7日拜会约翰逊，递交了阿尤布·汗的信函。约翰逊在会谈中毫不理会巴方的陈述。约翰逊说，对印度的军援可以遏制共产主义在南亚次大陆的威胁，这符合印巴两国的利益。他指责巴基斯坦发展同中国的关系的做法，认为巴方是个不忠诚的盟国，特别是当中国目前对南亚次大陆的非共产党国家构成巨大威胁的时候。针对阿尤布·汗威胁退出巴格达条约组织和东南亚条约组织，约翰逊表示，退出联盟并不符合巴基斯坦的利益，但退出与否取决于巴方自己。约翰逊最后警告巴基斯坦，如果巴基斯坦要重新考虑同美国的关系，那么美国除重新评估同巴方的关系外别无选择。[132]
约翰逊余怒未消，他随后打电报告诉马康卫，不邀请阿尤布·汗访美，并再次强调，美国关注的是中共对南亚次大陆的侵略威胁，对巴基斯坦发展同中国的关系表示强烈不满。因为阿尤布·汗“应该知道美国人民强烈地反对中共，我们现在在东南亚的所有麻烦都是中共搞的”。在美国决策者看来，“在目前同中共进行对抗的关键时刻”，巴基斯坦发展同中国的关系、扬言退出西方联盟的做法，将对美国的国家利益“产生严重的负面影响”，同时也将影响美国对巴基斯坦的援助。巴基斯坦的做法无疑是“杀掉一只下金蛋的鹅”。[133]
毫无疑问，美国对南亚次大陆的政策完全服务于遏制战略以及在亚洲遏制中国的政策目标。美国决策者判定，导致南亚次大陆日益的动荡不安和印巴关系日益紧张的一个重要因素就是中共所施加的政治和军事压力。[134] 巴基斯坦发展同中国的关系，自然要受到惩罚。1964年9月24日，邦迪同巴基斯坦财政部长沙阿比(Mohammed Shoaib)会谈时强调，美国南亚政策目标是帮助印度抵抗中国的侵略，美国和巴基斯坦在如何对待中国问题上存在着巨大的分歧，这是美巴两国发展关系的最为严重的障碍。[135]
1965年3月阿尤布·汗访华，对美国的南亚政策再次造成了冲击。马康卫打电报给国务院认为，阿尤布·汗的此次访问对巴基斯坦最为关键的就是通过强调中巴关系的牢固，从而对印度构成新的压力。因此他建议尽快邀请阿尤布·汗到华盛顿，以便澄清美巴关系中的一些重要问题。本来约翰逊在1965年初也已经同意国务院有关邀请阿尤布·汗访问美国的建议，但科默强调，美国应该让巴基斯坦明白，它不能一方面接受美国巨大的援助，而另一方面又“奉承中共并在几乎一切重要问题上推行反美路线”。邦迪在科默的这份备忘录上写道，“我们应该惩罚”阿尤布·汗。[136] 虽然阿尤布·汗事后向美国解释了访华的目的，重申巴中发展关系仅仅是为了睦邻友好，但美国依然取消了阿尤布·汗访美的安排，以惩罚巴基斯坦。4月14日，约翰逊正式决定取消阿尤布·汗的访问。
在此时刻，印巴军队4月份在库奇兰恩发生武装冲突，成为第二次印巴战争的前奏。巴基斯坦军队使用美国武器装备产生了一个突出的政治问题。马康卫大使打电报给国务院，认为库恩兰奇冲突将成为美国同印巴两国关系的一个“转折点”，当前最为迫切的问题是冲突本身以及巴基斯坦在冲突中使用美国武器装备。但无论印巴双方的理由如何，就美国在南亚次大陆的根本利益而言，“目前这种局面是不能容忍的”。马康卫也承认美国的政策面临着“最为严峻的两难境地”，如果由于巴基斯坦在冲突中使用美国的武器装备而取消对巴方的军事援助计划，那将在南亚打开“中立主义的潘多拉盒子”；另一方面，如果允许巴方在冲突中使用美国武器装备，那又将面临来自国会和印度方面的压力。马康卫指出，短期内看不到有解决这种矛盾的方法，但目前应要求印巴双方遵守1960年有关库奇兰恩安排的协议，否则将危及计划对双方的执行。[137] 鲍尔斯也从新德里打电报说，印度也提请华盛顿注意，美国曾保证不允许巴基斯坦使用美国的武器装备进攻印度。鲍尔斯强调，美国对这一问题的反应将对美印关系产生深远的影响。因此美国决策者认为，在美国对印巴两国的影响处于低谷时期，冲突迫使美国再次卷入南亚次大陆争吵的中心，巴基斯坦还希望在冲突中使用美国的武器装备，从而在美印之间打入一个楔子。[138]
因此，在库奇兰恩冲突中，美国一方面警告巴基斯坦不得在冲突中使用美国的武器装备，同时对于印度要求美国提供F-5A战斗机一事也加以拒绝。库奇兰恩事件在美国同印巴两国的关系中产生了重要的影响，美国的政策导致印巴两国对美国的信誉和在南亚地区的作用产生了极度的不信任，美国在南亚次大陆的影响力开始迅速消退。与此同时，美国决策者对印巴两国在库奇兰恩冲突中的表现也极为不满，开始重新考虑制定新的南亚政策。美国首先考虑对印巴两国施加经济压力。
1965年6月8日，约翰逊告诉邦迪，他现在不会同意向印度或巴基斯坦“拨款1美元”，“除非我已经同意或签过字的，如果是我同意过或签过字的，也要拿给我看看”。在第二天同国务院、国防部和国际开发署的负责人讨论对印巴两国援助问题的会议上，约翰逊又明确表示，没有他的批准，不再向印巴两国提供任何新的贷款，推迟批准1966年财年的对外援助拨款。约翰逊还要求国务院和国际开发署共同研究对印巴的援助方针，以便决定美国是否有必要在两国花费如此庞大的款项，同时“按照政治目标的标准”，如何利用经济援助以获得“更大的影响”。[139] 由于对印度援助的年度审议已经完成，美国决定推迟对巴基斯坦援助的审议（推迟两个月），并于6月30日将美国的决定通知巴方。美国的决定激起巴基斯坦的极大愤怒，7月14日，阿尤布·汗公开宣称，巴基斯坦寻求的是新朋友而不是新主人；他抨击美国人陶醉于权力，不会倾听小国的意见。美巴两国的关系降到一个新低点。