1965年印巴战争的爆发，对美国的南亚政策而言是一场“灾难”。9月6日，印度军队4个师的兵力越过实际控制线，进入旁遮普地区，并向拉合尔逼近，冲突进入一个新的、更加危险的阶段。同一天，阿尤布·汗和外长布托同马康卫会谈，向美方提交了一份最后通牒，要求美国履行1959年同巴基斯坦达成的协议，希望美国立即采取行动“击退和粉碎印度的侵略”。值得注意的是，阿尤布·汗向马康卫所阐述的苏联和中国在这场战争中的作用。他告诉美国大使：“苏联人怎么会援助我们？他们怎么能援助我们？中共只会做和苏联人协调一致的事情。如果中共帮助我们，印度就不能把北部边界的部队调过来进攻我们。我们和苏联没有契约，苏联人和我们也没有。我们没有同中国人接触。我们不需要他们，因为俄国人和美国的力量将会介入。我们不需要中国人的介入。”[140]

此时美国决策者最为担心的是中国可能采取的行动。考虑到库奇兰恩事件的处理结果，同时还考虑到中国直接或间接卷入印巴战争的可能，此时中央情报局的一份备忘录认为，巴基斯坦和中国之间存在着某种形式的“秘密谅解”，这可能是巴方在目前的冲突中手中掌握的“一张王牌”；从最坏的角度讲，这可能会使得巴基斯坦做出“最为鲁莽的举动”。[141] 9月8日，约翰逊同麦克纳马拉通电话，商讨对策。麦克纳马拉说，他所关心的是可能出现一系列美国尚未可以充分应对的紧急情况，其中最严重的就是中国可能对印度采取军事行动。麦克纳马拉建议美国开始准备，以应对中国和苏联的介入。与此同时，国务院认为，目前印巴之间的战争有可能变为“自由世界同共产党集团之间的对抗”，因此“印巴战争将对美国的利益产生深远的影响”，因为如果由于战争而导致南亚地区的“普遍混乱”，那将肯定对美国“在该地区建立一个对抗共产党中国的切实可行的砝码的努力产生消极的影响”。为此腊斯克建议，美国应全力支持通过谈判解决印巴冲突，因为美国的介入不仅可以使印巴两国明智地同西方保持关系，而且可以使印巴两国“坚定地抵抗中共对南亚次大陆的蚕食”。[142] 因此约翰逊决定，首先依靠联合国敦促两国停火，并在9月8日公开宣布，立即停止美国对印巴两国所有的援助。

1965年9月16日，中国外交部照会印度驻华大使馆，严厉谴责印军在中印边界和中国--锡金边界的入侵挑衅活动，要求印度政府在3天内拆除它在中锡边界中国一侧和跨中锡边界线上的的所有侵略工事，并立即停止在中印边界和中锡边界的一切入侵活动，否则，由此产生的一切严重后果，必须由印度政府承担全部责任。照会还强调说，中国不介入印巴争端不等于不问是非，也绝不等于中国可以同意克什米尔人民的自决权遭到剥夺，也绝不等于中国可以同意印度借口克什米尔问题侵略巴基斯坦。[143]

中国的照会及相应的军事调动，在美国决策者中引起了轩然大波，他们一致认为，中国介入印巴战争对全球范围内的美国利益和美国信誉构成了挑战。为此，约翰逊政府在以下几个方面做了准备，首先，约翰逊命令国防部和国务院制定军事应急计划，其重点放在一旦中国进攻印度，美国所采取的军事选择；其次，约翰逊表示美国将继续支持联合国秘书长吴丹的停火斡旋；第三，约翰逊指示美国将向印度和巴基斯坦施加影响，使他们接受联合国的停火决议。[144] 随后美国立即警告阿尤布·汗：如果由于他的鼓励，甚至由于他不同意停火而造成中国介入的局面，巴基斯坦将使自己疏远西方，“这不是威胁，而是事实”。一旦实现停火，美国将恢复对巴基斯坦的援助，因为美国的援助是给予巴基斯坦人民，而不是支持军事冒险，同时美巴两国还可以恢复和保持亲密和互助的双边关系。但是，对于“支持或鼓励红色中国的侵略压力”的任何国家，美国总统不会批准给予哪怕是一角钱的援助。[145] 另一方面，对印度方面一再提出的希望美国公开承诺，一旦中国进攻印度，美国将帮助印度的请求，美国始终没有同意。

在美国的压力下，印巴两国的政策开始发生变化。阿尤布·汗表示希望尽快结束印巴战争，他批评美国在战争的关键时刻保持沉默和无所事事，中共在危机中所表示的同情并不是由于巴基斯坦的要求，“如果美国早先就警告任何越过国际边境线进入对方的行为都是不能容忍的，那么目前会出现为中共提供的危险的机会”。至于中国的“最后通牒”，阿尤布·汗表示他没有同中国串通过，没有进行过磋商，也不知道中国的意图是什么，并声称他曾劝告中国人不要介入。[146] 9月17日，印度接受联合国的停火决议；9月22日，巴基斯坦也接受联合国的决议，同意停火。1966年1月10日，印巴在苏联的斡旋下签订塔什干协议。甘地夫人表示，尽管存在着巴基斯坦的挑衅，印度将履行塔什干协议。在1966年7月12日至17日对苏联的正式访问中，甘地夫人再次声称，塔什干协议是“和平共处的证明”。[147] 1965年战争的结果使得印度的外交战略进一步倾向苏联。

1965年印巴战争后，美国决策者开始反思南亚政策。在美国决策者看来，美国的南亚战略虽然遭遇到意想不到的“悲剧”，但任何对美国南亚战略的重新评价都必须承认，“这一战略迄今为止取得了极其显著的成就”，因为南亚地区对美国的利益是重要的，特别是在“同红色中国日益增长的对抗中”。因此，美国要坚持“胡萝卜加大棒”的政策，继续向印巴两国提供经济和军事援助。[148] 但另一方面，美国决策者也看到了南亚局势中所存在“真正危险”，那就是巴基斯坦和印度将“误读”美国的政策：“巴基斯坦人可能错误地相信，他们的选择就是向我们施加赤裸裸的压力，或者同红色中国进行赤裸裸的讨价还价。这是他们正在谈论和正在采取的方法。印度人也可能错误地感到，我们正利用粮食作为直接的工具，按照印度的政治条件，他们感到自己惟一安全的解决办法就是公开而坚定地脱离西方。印度人还错误地认为，我们试图利用我们的援助换取他们在克什米尔问题上的‘投降’。”鉴于此，邦迪和科默提出了美国未来南亚政策的四项原则：印度的重要性超过巴基斯坦，如果印度能“明智地”发展同美国的关系，美国可以继续向印度提供粮食和其他经济援助；“在上述优先考虑下，假如我们可以向巴基斯坦展示中国道路是无用的和毫无意义的，并向他们展示西方继续提供经济支持的现实，那么我们没有必要丢失巴基斯坦”；不要期望克什米尔问题的早日解决，美国可以做到的最大努力就是向印巴双方施加压力，迫使他们通过和平谈判解决争端；美国对印巴的经济援助除了同政治解决印巴之间的问题之外，还可以同以下主要问题连系起来：使巴基斯坦脱离中国，“阻止印度无理性地倒向苏联”，不让印度人获得核武器，迫使印巴两国推行更好的经济和农业政策，等等。[149]

因此，在上述政策设想下，印巴两国必须采取的让美国“满意的”的具体措施，就巴基斯坦而言，“展示巴基斯坦优先发展同美国和自由世界关系的行为”包括：“巴基斯坦必须抛弃这样的念头，即威胁倒向中共将会使美国不断地做出迁就，这不会起任何作用，巴基斯坦越早停止使用这种手段，我们就越能达成更好的谅解。我们所需要得是对美国采取合作的态度，这并不排除巴基斯坦同中国发展‘正确”的关系，但这确实需要排除拼命巴结中国”。同时，巴基斯坦必须在克什米尔问题上采取理性的政策，修正对印度的要求，这样美国对巴基斯坦的经济援助才会有助于印巴分歧的解决。[150]

这样，1965年印巴战争后美国对巴基斯坦政策主要包括三个主要目标：限制巴基斯坦同中国的关系，继续使用设在白沙瓦情报设施，使巴基斯坦继续履行作为巴格达条约组织和东南亚条约组织成员的义务。1965年12月15日，约翰逊同阿尤布·汗会谈，美国同巴基斯坦过去的那种联盟关系已经结束，正在形成的新的关系同过去是不同的；解决美巴之间矛盾和分歧的关键在很大程度上取决于巴基斯坦同中国的关系，约翰逊说，如果巴基斯坦希望发展同美国的关系，那么就不能同中国发展关系。[151] 1966年初，约翰逊授权恢复对巴基斯坦的经济援助，但前提必须是巴基斯坦缓和同印度的紧张关系，并限制同中国的关系。同时，政府决策者并不同意恢复对巴基斯坦的军援。1966年3月科默告诉约翰逊，阿尤布·汗“显然不准备放弃中共作为后备之用，起码直到他知道自己下一轮的军事物资来源于何处”。